Kauttuan maatalous kehittyi voimakkaasti 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alussa. Sen monumentiksi nousi 1920-luvulla uusi navetta syrjään vanhasta keskuksesta. Rakennuksen ensimmäisen version on suunnitellut mm. Suomen eduskuntatalon arkkitehti J.S. Sirén vuonna 1919. Alkuperäinen versio ei kuitenkaan toteutunut, vaan lopullisen suunnitelman piirsi Urho Åberg (porilainen arkkitehtitoimisti Borg, Sirén, Åberg), joka otti Sirénin suunnitelmista selviä vaikutteita, mutta teki alkuperäiseen jonkin verran muutoksia.

Jatkosodan aikana navetassa toimi asetehdas, sillä A. Ahlström Oy:n omistuksessa ollut Karhulan tehtaan toimintaan siirrettiin itärajalta Länsi-Suomeen. Navetassa sorvattiin kranaatin metalliosia, ja työssä olivat Karhulan konepajan sorvareita sekä ammuksia kokosivat paikalliset pikkupojat. Kauttuan tehtaitten museossa on nähtävillä Kauttuan navetassa valmistettuja kranaatinkuoria.

Navetassa kasvatettiin rotukarjaa aina 1970-luvun alkuun asti, jolloin yhtiö luopui karjanpidosta ja myi maatilojaan.